Tal como lo describes ha habido un consentimiento implícito a una modificación del alquiler sin fundamento legal que ahora no puede esgrimirse para dejar incumplido el contrato.

En pedrohernandezabogado.blogspot.com estoy a su disposición por si le puedo ayudar profesionalmente.

Según él no. Según la LAU.
Llegado el vencimiento del contrato, éste se prorroga por anualidades.

Respecto a lo que has pagado de más, si le demandaras te iba a costar más el collar que el galgo. Simplemente no tendrías que haber pagado por encima del IPC y que se hubiera atrevido el casero a demandarte.

Si sólo te exige la fianza y es de uno o dos meses no vas mal. Podría demandarte por incumplimiento de contrato y eso podría salrte aún más caro.

Antes de alquilar de nuevo te recomiedo que te informes de tus derechos y obligaciones:
http://sites.google.com/site/papeleosalquiler/pinceladas