Muchas gracias por su respuesta también, me ha quedado el tema muy claro!!

Violeta está describiendo una situación anómala, al parecer su inquilino pretende seguir beneficiándose de la deducción por vivienda habitual aunque de hecho resida en la vivienda que le alquila a vd..
Si vd aplica a ese arrendamiento la reducción fiscal por alquiler de vivienda habitual, es previsible que la agencia tributaria compruebe que su inquilino aparece como titular de una vivienda por la que se deduce en concepto de habitual, con lo cual ambos tendrán problemas, mayores su inquilino.
Tenga en cuenta que a efectos fiscales nadie puede tener dos viviendas habituales a la vez, lea esto:
RENTA 2009: Domicilio fiscal. Vivienda habitual Para ampliar más o aclarar esta información puede  hacerlo al teléfono: 807 520 008 donde recibirá mi atención  directa e inmediata (1,21 eur./min. Desde fijo; 1,57 eur ./min. desde móvil)
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Muchas gracias por tu rápida respuesta, Amparo!! el caso es que el inquilino residiría de hecho en la casa de alquiler, pero a efectos fiscales, su vivienda habitual sería otra que tiene hipotecada y figura como vivienda habitual para desgravar esa hipoteca...en ese caso el arrendador podría beneficiarse de ese 60% o no le correspondería porque a efectos fiscales la vivienda habitual de su inquilino sería la otra? es un poco lio, lo se...

Si su contrato de arrendamiento es "para uso de vivienda" puede aplicarse la deducción.
Cuando no se puede es si se trata de arrendamiento para uso distinto de vivienda, como por ejemplo, para estudios, traslado temporal por trabajo, negocio, vacaciones...