Hola Sara:
En su caso concreto se excluyó expresamente la penalización en caso de desistimiento pasados los 6 primeros meses de vigencia del contrato. Por lo tanto, pasados los 6 primeros meses usted debe preavisar al arrendador mediante burofax con acuse de recibo con 30 días de antelación su voluntad de desistir del contrato y no vendrá obligada a pagar penalización alguna.
Reciba un cordial saludo.
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Creo entonces que si los 6 meses no aplican en años sucesivos al primero, con avisar con 30 días, no deberíamos abonar nada en concepto de penalización. Indico textualmente lo que dice el contrato: "El contrato comenzará a regir el 01/06/2014. Su duración será de un año y una vez cumplido, se considerará prorrogado por plazos anuales hasta alcanzar el plazo de tres años establecido en la Ley 29/1994, de 24 de Noviembre, modificada por la Ley 4/2013, de 4 de junio. El arrendatario podrá desistir del contrato de arrendamiento libremente y sin penalización, una vez hayan transcurrido al menos seis meses de contrato, que serán de mínimo y obligado cumplimiento por la parte arrendataria. En este caso, bastará con preavisar a la arrendadora con un mes de antelación" Muchas gracias por vuestra ayuda

Hola Sara:
Coincido con la respuesta de mi compañero Pelayo.
Reciba un cordial saludo.
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La penalización solamente se puede aplicar si expresamente así consta en el contrato y nunca puede ser superior a un mes por año que falte por cumplir o su parte proporcional. 
Si no consta nada para las prórrogas del contrato, los seis meses, solamente se pueden aplicar a los iniciales
Comunica  ya fehacientemente al arrendador la fecha en que dejaras la vivienda por desestimiento del contrato. 

Buenos días,

Si el contrato se firmó únicamente por una anualidad y el contrato se ha prorrogado, no aplica nuevamente el plazo mínimo obligatorio.

En cuanto a la penalización, lo primero que hay que confirmar es si está prevista en el contrato. La Ley hace referencia a que aplica "al plazo que reste por cumplir", por lo que caben 2 interpretaciones:

1) Que la penalización aplica únicamente para el "plazo acordado". Como se acordó un plazo de 1 año, en el segundo año no aplicaría.

2) Que la penalización aplica para cada plazo de vigencia del contrato. Como se ha prorrogado por 1 año, aplicaría la penalización por dicho plazo pendiente de cumplir, lo que resultaría en 10/12 partes de una mensualidad.

Personalmente, creo que la interpretación adecuada es la 2.

Un saludo,
www.desalvador.es
Especialistas en Derecho Inmobiliario