En todo caso, el casero podría retenerte esa parte proporcional del IBI. (Aunque no venga el importe, si lo has pagado otros años no puedes alegar que desconocías cuánto era)
Pero no toda la fianza. Sólo la diferencia.
Si la fianza no la depositó en el organismo de vivienda competente es una falta administrativa sancionable con una multa si le pillan, pero no invalida el contrato.
Intenta por todos los medios llegar a un acuerdo para que te deduzca sólo tu parte del IBI. Ya sabes lo que dice el refrán: más vale un mal acuerdo que un buen pleito.
Si no lo consigues, puedes demandarle en el juzgado.
En el último punto de esta página
http://sites.google.com/site/papeleosalquiler/
tienes un enlace tanto al documento que tienes que rellenar, como a la página del Ministerio de Justicia donde se explica cómo funcionan estos juicios rápidos de reclamación de cantidades inferiores a 900 euros.

El IBI varia cada año, siempre a más, así es que no veo cómo se puede reflejar en contrato, sí creo que debería presentarte el recibo del ibi pagado o la notificación que manda el ayuntamiento para avisar del cobro.
Como no se si el IBI es superior o no a la fianza pues no puedo decirte nada más.
Sobre la excusa de que no la ha depositado en Hacienda espero que otros puedan aclararte algo más.