No parece posible resolver el/los problema/as que plantea en este espacio, solamente le puedo dar orientaciones generales:
Se trata de un contrato complejo, compuesto a mi forma de ver, de dos arriendos uno de vivienda, exento de IVA otra de local, sujeto a IVA.
Debiera redactarse un documento que hiciera interdependientes ambos arriendos.
Dependiendo de esa redacción el inquilino podrá deducirse parte como vivenda habitual y parte como gasto de la actividad y por supuesto compensar el IVA soportado, si ello es fiscalmente factible.
En mi blog, cuya lectura le recomiendo,
pedrohernandezabogado.blogspot.com estoy a su disposición por si le puedo ayudar profesionalmente.
