La última opción que le da Iban, como ya le ha comentado él, es mejor que la consulte con Hacienda, porque es posible que igualmente no la apliquen con carácter retroactivo.

Buenos días
Puede pagar el recargo de la fianza (es decir inrgesrla con recargo y solicitar la devolución) y esperar que Hacienda le admita la desgravación a su inquilino.
Saludos
www.gracianiasesores.com

Hola Ana.
Desde el punto de visto práctico el asunto tiene difícil solución. Puedes hacer varias cosas. Desde pagarle la sanción, hasta dejar pasar el asunto, pasando por soluciones intermedias como pagar la sanción a medias.
Si os queréis complicar un poco más creo que sería posible (en Andalucía por lo menos si lo es) depositar la fianza ahora (con su recargo correspondiente por presentación fuera de plazo) para que Hacienda apruebe la desgravación. Pero esa opción tendrás que consultarla en el organismo de hacienda de tu comunidad autónoma.