Hola Turu, la LAU dice en el título V, disposición tercera,
" Tercera. Depósito de fianzas
Las Comunidades Autónomas podrán establecer la obligación de que los arrendadores de finca urbana sujetos a la presente ley depositen el importe de la parte en metálico de la fianza regulada en el artículo 36.1 de esta Ley, sin devengo de interés, a disposición de la Administración autonómica o del ente público que se designe hasta la extinción del correspondiente contrato. Si transcurrido un mes desde la finalización del contrato, la Administración autonómica o el Ente Público competente no procediere a la devolución de la cantidad depositada, ésta devengará el interés legal correspondiente.

Y sí, para solicitar ayudas para el alquiler, te piden tener el contrato legalizado, pero puedes pedir la ayuda de la fianza antes de pagarla tú, (esto sólo para la Renta Básica) o después de pagarla.

En la Comunidad de Madrid es obligatorio.

Sin embargo, lo haga o no lo haga, para tí es transparentes. En cualquiera de los casos tú puedes pedir las ayudas a las que tengas derecho.