En primer lugar decirte que un contrato de alquiler con opción a compra se tiene que aplicar como un alquiler es decir, durante el tiempo que se este de alquiler se tiene que desgravar como un alquiler y no lleva IVA si es como vivienda, lo llevaría si fuera como despacho profesional u otro uso diferente a vivienda.

Una vez se ejecute la opción de compra tu tendrás que declarar el importe que te queda por recibir, porque todo lo que hayas cobrado de alquiler ya lo habrás declarado como alquiler.

Te aconsejo que antes de elevarlo a público si la intención es inscribirlo en el registro, consultes con el registro que le pertenece a la finca para saber exáctamente si te lo dejarían inscribir y cómo te lo dejarían inscribir, ya que hay muchas discrepancias sobre este tema en un registro u otro, depende del registrador.

En todo caso que te dejen será con una escritura de elevación a público de contrato de alquiler con opción de compra. Los gastos varían según la notaria, pero no serían muchos ya que elevarlo a público no creo que sobrepase los 100 ?, luego has de pagar el 1 % del valor de la compra en concepto de actos jurídicos documentados y lo que te cobre el registro. Para saber con más detalle este tema te aconsejo que lo consultes en el registro que pertenece la finca y en una notaría.