Son dos cosas diferentes; si habéis firmado un contrato privado de arrendamiento las cláusulas contenidas en él te obligan igualmente, entre ellas la subida del IPC anual. Otra cosa son los problemas que pueda tener tu arrendador con Hacienda ya que efectivamente su obligación es declarar esos ingresos de alquiler como rendimientos de capital inmobiliario, además seguramente que no lo declare por desconocimiento ya que si como dices tienes derecho a desgravación por alquiler es probable que para tu casero los rendimientos a declarar por ese alquiler estuvieran exentos al 100%. Puedes hablar con él de este tema e incluso acudir los 2 a un profesional para que le asesore. Además es muy fácil que le pillen ya que en tu declaración de renta tienes que reflejar la referencia catastral de tu vivienda habitual y el concepto en el que te encuentras en ella (en tu caso alquiler), estos datos los cruza hacienda y si tu declaras eso y él no declara ingresos por ese concepto va a tener problemas.

Consulte en Hacienda si puede usted hacer la desgravación y que la Administración Tributaria se encargue del casero. No puede reclamar la devolución del incremento del IPC porque es legal.