Siendo estricto con la ley no podría hacerlo por dos motivos: 

1.- Si no va a hacer uso de la licencia debería de comunicarlo al ayuntamiento con lo que en muchos ayuntamientos llaman "Comunicación de Cese de la Actividad Clasificada o Inócua". Decir que no conozco a nadie que haya sido sancionado por no comunicarlo.

2.- (para mí el más importante) Si va a usar el local como almacén, es posible que la carga calorífica (cantidad de calor liberada por la combustión de los materiales presentes en un local, medida por unidad de área) aumente por lo que la instalación contra incendios que tenga en el local debería de modificarse.

Tener una licencia urbanistica no implica la necesidad de usar de ella, utilizar un local arrendado como almacen, sin animo de lucro supongo, no veo que el ayuntamiento tenga nada que decir al respecto.

Desde luego ese contrato de arrendamiento esta sujeto a IVA.

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