No.
Tu inquilino, amparado por la LAU, podría haber comenzado a pagarte la renta rebajada según el IPCGN a partir del mes siguiente al que te lo hubiera comunicado. (Artículo 18-3: http://civil.udg.es/normacivil/estatal/contract/lau.htm#Artículo_18 )
No. No puedes cobrarle lo que te cobra el banco por domiciliar el recibo. Tienes obligación de entregar recibo o pagar los gastos que se le originen al arrendatario para dejar constancia del pago. Pero podríais pactar una forma de pago que no le cueste dinero a ninguna de las partes. (Artículo 1-4: http://civil.udg.es/normacivil/estatal/contract/lau.htm#Artículo_17)

Respecto a lo último, no sé a qué reparaciones te refieres ni qué es lo que no es legal. (Si quieres explícalo más)

Pero la ley especifica que las pequeñas reparaciones debe pagarlas el inquilino, y las reparaciones necesarias para la habitabilidad de la vivienda, (suelen ser de más envergadura) el propietario (salvo un mal uso del inquilino)
Y los contratos siempre son legales, aunque pudieran tener alguna cláusula nula.