De acuerdo muchas gracias a todos. Un saludo

Buenas tardes, jonatan:
La respuesta a su pregunta es afirmativa. Respecto a los efectos fiscales de tener alquiladas dos viviendas coincido con la respuesta de mi compañero Pholmo.

Reciba un cordial saludo.
http://letradosalquileres.es.tl/

jonatan a efectos fiscales solamente tiene que manifestar a la agencia tributaria cual es su domicilio fiscal fundamentalmente para que ahí le dirijan las notificaciones que sean necesarias, los alquileres quien está obligado a declararlos es el arrendador que los percibe
Le vendrá bien leer este enlace:
RENTA 2009: Domicilio fiscal. Vivienda habitual Para ampliar más o aclarar esta información puede  hacerlo al teléfono: 807 520 008 donde recibirá mi atención  directa e inmediata (1,21 eur./min. Desde fijo; 1,57 eur ./min. desde móvil)
http://www.pedrohernandezabogado.com/

Entonces podria seguir empadronado en mi actual vivienda y tener alquilada la habitación? Y a la hora de declarar, tendría que hacerlo de los dos alquileres o solamente de donde esté empadronado? 

Hola Jonathan:
En el caso expuesto deberá tener en cuenta:
1º) Que mientras el 1º contrato siga vigente usted será el responsable de los derechos y obligaciones dimanantes del mismo.
2º) Si usted continúa empadronado en su actual vivienda en ningún caso podrá optar a que su segundo contrato de arrendamiento sea de vivienda permanente.

Reciba un cordial saludo.
http://letradosalquileres.es.tl/