Podrá seguir desagravándose los gastos que este inmueble le genere, pero ya no como vivienda habitual (porque ya no lo es), ahora tendrá que declarar las rentas que perciba por dicho alquiler, y desgravarse los gastos que le genere el inmueble.
Ojo, si hace menos de tres años que la declara como vivienda habitual, tendrá que devolver lo que se haya desgravado hasta el momento por este concepto, es decir, que tiene que hacer un mínimo de tres años que se desgrava esta vivienda.

chachacha, ahora se está deduciendo el pago del préstamo hipotecario en concepto de pago aplazado por la compra de su vivienda habitual, si la alquila dejará de ser su vivienda habitual, con lo cual no cumple el requisito esencial de esa deducción fiscal.
Además deberá declarar en IRPF los alquileres que perciba como rendimientos del capital inmobiliario, eso si, con las reducciones y deducciones que le puedn corresponder, entre ellas la de los intereses de ese préstamo hipotecario.
En http://www.pedrohernandezabogado.com/ , donde tiene abundante información sobre estos temas,   estoy a su disposición por si le puedo ayudar profesionalmente