Buenos días, María.
Si, puede hacerlo perfectamente teniendo la hipoteca. En todo caso, tenga en cuenta que el alquiler con opción de compra NO ES EQUIPARABLE a una compraventa.
Le aconsejo que lea las entradas de nuestro blog sobre el tema:
http://blog.desalvador.es/arrendamientos/arrendamiento-opcion-compra/

http://blog.desalvador.es/arrendamientos/arrendamiento-opcion-compra-ii/

http://blog.desalvador.es/arrendamientos/tributacion-alquiler-opcion/

Si después de informarse decide aceptarlo, le recomendaría que se asesorara con un abogado especializado. Son contratos complejos y la posición del arrendador es una de las que se ve más comprometida.
Un saludo, www.desalvador.es