La interpretación que haces del art. 18.3 es correcta. La actualización es un derecho, no una obligación, tanto para el arrendador como para el arrendatario.

Si se ejerce el derecho a actualizar, no hay duda de que no se puede hacer retroactivamente. Solo a partir del sexto año de contrato y siempre que se haya estipulado expresamente en el contrato, hay quien opina lo contrario, pero en mi opinión ni en esos supuestos sería exigible retroactivamente.

Naturalmente me estoy refiriendo a los arrendamientos de vivienda, no a otros arrendamientos, como el de local comercial, donde la libertad de las partes prevalece sobre la ley.

Esto no quiere decir que las actualizaciones no exigidas no puedan acumularse. Por el contrario, en un contrato de 2004 que nunca se ha actualizado, la renta se podría actualizar en 2008 aplicando todos los índices desde 2004, aunque esa modificación solo afectaría a las rentas a partir de 2008, no las anteriores, porque la actualización, como ya he dicho, tiene carácter irretroactivo.

No debes pagar los atrasos que no se te han notificado a su debido tiempo de acuerdo a lo estipulado en el artículo 18.3 de la LAU de 1994 tal y como tú apuntas en tu pregunta.