Tienes que pagar el IVA.
Al emitir una factura, la cuota de IVA que figura en ella es un saldo a favor de la Administración, con independencia de que la factura esté cobrada o no.

Una vez pagado el IVA, en tu caso probablemente el de varios meses consecutivos puesto que cada mes tendrás que seguir emitiendo la factura el proceso se va repitiendo (emites factura, la incluyes en tu declaracon de IVA a Hacienda).

¿Qué ocurre al final?
Si finalmente cobras las facturas, como ya has liquidado el IVA previamente, el dinero recibido te pertenece.

Si finalmente no cobras las facturas, puedes solicitar la devolución del IVA a la Hacienda Pública. En ese caso debes de cumplir una serie de requisitos legales. No entro en el detalle del procedimiento a seguir, pero si necesitas conocerlo con gusto volveré a contestarlo.

Conclusión: como casi siempre... primero pagas y luego reclamas.

Un saludo.

Yo tuve un local alquilado y los inquilinos no me pagaban el alquiler, yo no pague el IVA de los meses que no había cobrado y la delegación de hacienda me obligo a pagar y ademas me sanciono por el retraso en el pago del IVA, alegaron los de hacienda, que yo tenía obligación de pagar y que si al final no cobraba lo pendiente con los inquilinos reclamara la devolución del IVA .

Te recomiendo que contrates un abogado para presentar una demanda de desahucio por impago de alquiler y suministros.