Así es. El arrendador-vendedor, como sujeto pasivo obligado tiene que presentar nueva factura al arrendatario-comprador.

Ley del IVA

Art. 80. Dos
Cuando por resolución firme, judicial o administrativa o con arreglo a Derecho o a los usos de comercio queden sin efecto total o parcialmente las operaciones gravadas o se altere el precio después del momento en que la operación se haya efectuado, la base imponible se modificará en la cuantía correspondiente.

Artículo 89. Rectificación de las cuotas impositivas repercutidas.
1. Los sujetos pasivos deberán efectuar la rectificación de las cuotas impositivas repercutidas cuando el importe de las mismas se hubiese determinado incorrectamente o se produzcan las circunstancias que, según lo dispuesto en el artículo 80 de esta Ley, dan lugar a la modificación de la base imponible.

La rectificación deberá efectuarse en el momento en que se adviertan las causas de la incorrecta determinación de las cuotas o se produzcan las demás circunstancias a que se refiere el párrafo anterior, siempre que no hubiesen transcurrido cuatro años a partir del momento en que se devengó el impuesto correspondiente a la operación o, en su caso, se produjeron las circunstancias a que se refiere el citado artículo 80.

5. (...) Cuando la rectificación determine una minoración de las cuotas inicialmente repercutidas, el sujeto pasivo podrá optar por cualquiera de las dos alternativas siguientes:

a) Iniciar ante la Administración Tributaria el correspondiente procedimiento de devolución de ingresos indebidos.

b) Regularizar la situación tributaria en la declaración-liquidación correspondiente al período en que deba efectuarse la rectificación o en las posteriores hasta el plazo de un año a contar desde el momento en que debió efectuarse la mencionada rectificación. En este caso, el sujeto pasivo estará obligado a reintegrar al destinatario de la operación el importe de las cuotas repercutidas en exceso.

Reglamento del IVA

Artículo 24. Modificación de la base imponible
1. En los casos a que se refiere el artículo 80 de la Ley del Impuesto, el sujeto pasivo estará obligado a expedir y remitir al destinatario de las operaciones una nueva factura o documento sustitutivo en la que se rectifique o, en su caso, se anule la cuota repercutida, en la forma prevista en el artículo 13 del Reglamento por el que se regulan las obligaciones de facturación, aprobado por el Real Decreto 1496/2003, de 28 de noviembre.